こうした議論が文部省に何らかの影響を与えたのかどうかは不明だが、１９５８年（昭和３３年）度改訂の学習指導要領からは、「系統主義」の立場に立った教科書がつくられた。この時期の教科書は、生活単元学習のときと同様、現在の教科書より内容がかなり多かったが、「系統主義」の中にも、生活単元学習の名残で、生活や産業との関連を重視した内容も多く含まれていた。「系統学習」は教師の努力により次第に浸透していったが、基礎的・基本的事項についてはかなり記憶しているが、その理解は表面的であり、より深く理解したり、事象を関連づけて考えたりする力が不足しているとして、更なる変更が行われた。
現在の教科書の原型になっているのが、「教育の現代化」を目指した、１９６９年（昭和４４年）度告示の学習指導要領である。これは、先程述べた１９６３年の経済審議会答申「経済発展における人的能力開発の課題と対策」の後、最初の改訂によるものであり、当時の教育政策を強く反映させたものとなった。
この時の学習指導要領は、「教育の現代化」と呼ばれるもので、アメリカにおける「科学教育現代化運動」の教育理論を全面的に取り入れたものであった。
東西の冷戦構造の中、アメリカとソビエトの間で核開発競争が続けられていて、経済だけでなく軍事的な側面から科学技術が重視されるようになった。その中、1957年ソビエトが人類初の人工衛星スプートニク１号の打ち上げに成功し、西側諸国がその技術力に衝撃を受けた。いわゆる「スプートニク・ショック」である。
1959年、アメリカの自然科学教育についておよそ35名の学者がウッヅ・ホールに集まって会議を開き、それに基づいて1960年議長のブルーナーが『教育の過程』を出版した。この中でブルーナーは
物理を学習している男の生徒はいわば物理学者なのであって、その生徒にとっては、物理学者がするように物理を学習することのほうが、ほかのなにかをするよりも容易なのである。
と述べ、教科を「構造化」し、「科学の方法」「探究の過程」を重視することによってすべての生徒に科学の本質を教えることが可能であるとした。アメリカではこれをもとに「PSSC物理」など、多くの「現代化」カリキュラムがつくられた。
どの教科でも知的性格をそのままにたもって、発達のどの段階のどの子どもにも効果的に教えることができるという仮説からはじめることにしよう。これは、教育課程というものを考えるうえで、大胆で、しかも本質的な仮説である。（註：下線引用者）
日本においても、教育課程審議会で次の３つを昭和４４年度学習指導要領改訂の方針とした。
学習指導要領における記述には「科学の方法」が明記され、具体的に問題の発見、予測、観察、実験、測定、記録、分類、グラフ化、推論、モデルの形成、仮説の設定、検証を適宜組み合わせて指導する事が求められた。そのため、教科書は法則、原理に至る道筋を重視して教えられるようになった。探究の過程としての生徒実験が重視され、教科書も実験方法の記述が大幅に増加した。
こうした「教育の現代化」の方針は、いわば理科を純粋な自然科学的な体系として教えるものであり、科学教育研究協議会の「理科は自然科学の成果と方法を教える教科である」とする主張にも応えるものであった。また、探求の過程を通して自然科学的知識を得ていくという「科学の方法」は、学術的な科学の基礎であったと言える。文部科学省を含めて多くの理科教育関係者が実験を重視する方針をとってきたのも恐らくここに源泉がある。そして、現在ではこうした理科の方針は当然のものとされている。
しかし、こうしてできたカリキュラムは、当時にして「理科嫌い」や「落ちこぼし」をつくったと批判する意見がかなり多い。そして、内容を減らしただけで、そうしたカリキュラムの方針を基本的に変えずにきた現在の学習指導要領でも「理科離れ」を進行させているという現実がある。